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Méthodologie

Comment un manuscrit est relu

SciRedPen applique à chaque manuscrit un protocole fixe et versionné. Cette page énonce ce que ce protocole fait, ce qu'il refuse de faire, et comment chaque phrase d'une relecture se rattache à la page dont elle provient.

Protocole version 1

Un protocole, non une consigne

Une relecture n'est pas une question unique posée à un modèle de langue. C'est une suite de passes définies dans un fichier de protocole livré avec le service et portant un numéro de version. Le protocole guide la façon d'examiner le manuscrit ; il ne prédéfinit jamais les constats. Deux exécutions sur le même article suivent les mêmes étapes, appliquent la même échelle de gravité et répondent aux mêmes critères de convergence.

Les six passes

Chaque passe lit le manuscrit avec une question différente. La sortie brute complète de chaque passe est conservée, et non la seule relecture finale.

Relecture d'ensemble

Une passe sur l'article entier, à partir du texte extrait. Elle établit ce que l'étude affirme, le protocole qu'elle a suivi et l'endroit où l'argumentation porte son poids, avant tout examen de détail.

Fenêtres visuelles de pages

Le manuscrit est relu sous forme de fenêtres de pages rendues qui se recouvrent, afin que figures, tableaux, axes, légendes et équations composées soient vus tels qu'imprimés, et non comme du texte extrait. Le recouvrement fait apparaître chaque page charnière dans deux fenêtres, de sorte que rien ne tombe entre elles.

Audit de complétude de l'étude

Un examen de ce qui manque : bibliographie absente, appels de citation non résolus, liens de dépôt laissés à l'état d'exemple, effectifs non donnés, et éléments de rapport qu'exige le type d'étude.

Synthèse de l'article entier

Les constats des passes précédentes sont confrontés entre eux et à l'article pris dans son ensemble, afin qu'un détail relevé dans une section soit jugé au regard de ce que dit le reste du manuscrit.

Passe adverse

La relecture provisoire est attaquée. Chaque constat doit survivre à la question de savoir s'il est réellement étayé par le manuscrit, ou s'il n'est qu'une critique vraisemblable que le texte ne justifie pas.

Validation jusqu'à convergence

Les passes de validation se répètent jusqu'à ce que la relecture cesse de changer. Une passe qui découvre encore des problèmes de fond est une passe qui n'a pas fini de lire.

Quand une relecture est terminée

Une exécution s'arrête lorsque tout ce qui suit est vrai, ou lorsque le nombre d'itérations configuré est atteint.

  • Aucun problème critique ou majeur nouveau n'est identifié.
  • Les affirmations non étayées et les désaccords sont tranchés, ou explicitement maintenus avec leur motif.
  • Tout commentaire dessiné s'appuie sur une preuve ancrée dans la page, ou sur une région visuelle explicite.
  • Deux passes de validation consécutives n'apportent aucune modification de fond.

Rien n'est dessiné là où la preuve ne correspond pas

Un commentaire n'est placé sur le PDF que s'il est ancré à une citation exacte, assez longue pour désigner un endroit de cette même page. Si la citation ne peut être retrouvée, le constat n'est pas dessiné. Il n'est pas non plus perdu en silence : il rejoint l'audit des commentaires non placés, avec la raison pour laquelle il n'a pu être ancré. Un relecteur peut donc distinguer un constat que l'outil n'a pas su placer d'un constat qu'il n'a pas fait.

Ce refus est le propos même. Une annotation dessinée à peu près au bon endroit vaut moins que pas d'annotation du tout, car elle invite l'auteur à corriger la mauvaise phrase.

Vérification interne et externe restent séparées

Les contrôles internes au manuscrit, l'accord du résumé avec les résultats, la concordance des tableaux avec le texte, sont séparés de la vérification factuelle externe. Les DOI cités sont résolus auprès de Crossref, de sorte qu'une référence qui n'existe pas est signalée comme une référence qui n'existe pas, et non comme une remarque de style.

Ce que cherche chaque passe

Cohérence interne

Sections de conclusion dupliquées ou contradictoires ; valeurs répétées d'une même grandeur qui divergent entre résumé, méthodes, résultats, tableaux et annexes ; arithmétique des totaux PRISMA et de recherche ; nombre d'éléments annoncé face au nombre d'éléments énumérés ; effectifs à travers les caractéristiques, les critères de jugement, les tableaux de tolérance et les légendes.

Méthode statistique et scientifique

Adéquation de l'estimateur à l'estimande ; hypothèses causales, dont l'échangeabilité, la positivité, la cohérence, l'interférence et la mesure ; estimateurs de variance, corrections robustes, degrés de liberté en petit échantillon et traitement des comparaisons multiples ; justification d'une implémentation écrite à la main là où des bibliothèques validées existent ; conclusions plus fortes que ne le permet le protocole.

Tableaux, figures et style

Affirmations du texte face aux valeurs des tableaux et des figures lorsqu'elles sont extractibles ; estimations ponctuelles, intervalles de confiance et de prédiction, axes, légendes, étiquettes et titres ; figures illisibles, rognées ou insuffisamment expliquées ; notes de tableaux et annexes qui contredisent le corps du texte ; formulations vagues ou exagérées remplacées par des affirmations précises.

Échelle de gravité

Critique

Constats qui rendent le manuscrit invérifiable, contradictoire avec lui-même, ou scientifiquement peu fiable.

Majeur

Constats exigeant une correction de fond avant que le résultat puisse être interprété avec confiance.

Modéré

Constats qui améliorent sensiblement la reproductibilité, la clarté ou l'interprétation, sans invalider le résultat principal.

Mineur

Questions de rédaction et de présentation qui améliorent la communication scientifique.

Les défauts qu'il est conçu pour détecter

Ce sont des défauts concrets qui parviennent jusqu'à des articles publiés. Le protocole les nomme afin qu'une passe ne puisse se croire achevée sans avoir regardé.

  • Deux conclusions contradictoires dans le même manuscrit.
  • Le même intervalle rapporté avec des bornes différentes selon l'endroit.
  • Toutes les citations rendues sous forme d'appels non résolus.
  • Aucune section de références ni de bibliographie.
  • Des valeurs de tableau en désaccord avec les graphiques qui en sont tirés.
  • Des totaux PRISMA qui ne s'additionnent pas.

Chaque exécution est auditable

Chaque relecture rend un dossier de preuves JSON à côté du rapport Markdown et du PDF annoté. Il consigne le manifeste du document, la sortie brute de chaque passe, les commentaires qui n'ont pu être placés et pourquoi, ainsi que le résultat de chaque vérification externe. Un constat que vous contestez se rattache à la passe qui l'a produit et à la page où il était ancré.

Ce que ce n'est pas

Ce n'est pas une évaluation par les pairs, et cela ne décide pas si un article doit être publié. Cela ne reproduit pas une analyse, n'exécute pas de code et n'accède à aucune donnée absente du fichier déposé. L'outil lit un manuscrit à la fois et rapporte ce que ce manuscrit étaye ou non. Tenez la sortie pour les notes d'un lecteur exigeant prises avant soumission, non pour une décision éditoriale.

Lisez votre manuscrit comme le fera un relecteur

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